Para entreter os amigos, Fernando, um dos náufragos, ao som da cítara, canta a lenda de uma estátua profética que, no ponto mais alto da ilha açoriana, aponta para o Brasil, indicando a futuros missionários o caminho a seguir.Um dia, excetuando-se Diogo, que ainda estava enfermo e fraco, os outros seis são encaminhados para os fossos em brasa. Todavia, quando iam matar os náufragos, a tribo do Tupinambá Gupeva é ferozmente atacada por Sergipe. Após sangrenta luta, muitos morrem ou fogem; outros se rendem ao vencedor que liberta os pobres homens que desaparecem, no meio da mata, sem deixar rastro. Canto II Enquanto a luta se desenvolve, Diogo, magro e enfermo para a gula dos canibais, veste a armadura e, munido de fuzil e pólvora, sai para ajudar os seis companheiros que serão comidos. Na fuga, muitos índios buscam esconderijo na gruta, inclusive Gupeva que, ao se deparar com o lusitano, saindo daquele jeito, cai prostrado, tremendo; os que o seguiam fazem o mesmo; todos acham que o demônio habita o fantasma-armadura. Álvares Correia, que já conhecia um pouco a língua dos índios, espera amansá-los com horror e arte. Levantando a viseira, convida Gupeva a tocar a armadura e o capacete. Observa, amigavelmente, que tudo aquilo o protege, afastando o inimigo, desde que não se coma carne humana. Ainda aterrorizado, o chefe indígena segue-o para dentro da gruta, onde Diogo acende a candeia, levando-o a crer que o náufrago tem poder nas mãos. Sob a luz, vê, sem interesse, tudo que o branco retirara da nau. Aqui, o poeta, louva a ausência de cobiça dessa gente. Entre os objetos guardados pelos náufragos, Gupeva encanta-se com a beleza da virgem em uma gravura.Tão bela assim não seria a esposa de Tupã? Ou a mãe de Tupã? Nesse momento, encantado pela intuição do bárbaro, Diogo o catequiza, ganhando-lhe, assim a dedicação. Saindo da gruta, o índio, agora manso e diferente, fala a seu povo Tupinambá, ao redor da gruta. Conta-lhes sobre o feito do emboaba, Diogo, e que Tupã o mandara para protegê-los. Para banquetear o amigo, saem para caçar. Durante o trajeto, Álvares Correia usa a espingarda, aterrorizando a todos que exclamam e gritam: Tupã Caramuru! Desde esse dia, o herói passa a ser o respeitado Caramuru - Filho do Trovão. Querendo terror e não culto, Diogo afirma-lhes que, como eles, é filho de Tupã e a este, também, se humilha. Mas que como filho do trovão, (dispara outro tiro) queimará aquele que negar obediência ao grande Gupeva.Nas estrofes seguintes, o poeta descreve os costumes da selva. Caramuru instala-se na aldeia, onde imensas cabanas abrigam muitas famílias, que vivem em harmonia. Muitos índios querem vê-lo, tocá-lo. Outros, em sinal de hospitalidade, despem-no e colocam-no sobre a rede, deixando-o tranqüilo. Paraguaçu é uma índia, de pele branca e traços finos e suaves. Apesar de não amar Gupeva, está na tribo por ter-lhe sido prometida. Como sabe a língua portuguesa, Diogo quer vê-la. Após o encontro os dois estão apaixonados. Canto III À noite, Gupeva e Diogo conversam sob a tradução feita por Paraguaçu. O lusitano fica pasmo ao saber que, para o chefe da tribo, existe um princípio eterno; há alguém, Tupã, ser possante que rege o mundo; aquele que vence o nada, criando o universo. O espírito de Deus, de alguma maneira, comunica-se com essa gente. Gupeva eloqüente fala acerca da concepção dos selvagens sobre o tempo, o Céu, o Inferno. Abordam a lenda da pregação de S. Tomé em terras americanas. Concluindo a conversa, o cacique diz que estão para ser atacados pelos inimigos; Caramuru aconselha-o a ter calma. De repente, chegam os ferozes índios Caetés que, ao primeiro estrondo do mosquete, batem em retirada, correndo, caindo; achando, enfim, que o céu todo lhes cai em cima. Canto IV O temido invasor noturno é o Caeté, Jararaca, que ama Paraguaçu perdidamente. Ao saber que ela esta destinada a Gupeva, declara guerra. Após o ataque estrondoso do Filho do Trovão, Jararaca convoca outras nações indígenas com as quais tinha aliança: Ovecates, Petiguares, Carijós, Agirapirangas, Itatis. Conta-lhes que Gupeva prostrou-se aos pés de um emboaba pelo pouco fogo que acendera, oferecendo-lhe até a própria noiva. O cacique alerta-os que se todos agirem assim, correm o risco de serem desterrados e escravizados em sua própria terra, enchendo de emboabas a Bahia. Apela para a coragem dos nativos, dizendo que apesar do raio do Caramuru ser verdadeiro, ele nada teme, porque não vem de Deus. Não há forças fabricadas que a eles destruam. A guerra tem início e Paraguaçu também luta heroicamente e, num momento de perigo, é salva pelo amado lusitano. Canto V Depois da batalha, os amantes discorrem sobre o mal que habita o ser humano e qual a razão de Deus para permiti-lo. Em seguida, em Itaparica, o herói faz com que todos os índios se submetam a ele, destruindo as canoas com as quais Jararaca pretendia liquidá-lo. Canto VI As filhas dos chefes indígenas são oferecidas ao destemido Diogo, para que este os honre com o seu parentesco. Como ama Paraguaçu, aceita o parentesco, mas declina as filhas. Na mata, o herói encontra uma gruta com tamanho e forma de igreja e percebe ali a possibilidade dos nativos aceitarem a Fé Cristã, e se dispõe a doutriná-los. Mais tarde, salva a tripulação de um navio espanhol naufragado e, saudoso da Europa, parte com Paraguaçu em um barco francês. Quando a nau ganha o mar, várias índias, interessadas em Álvares Correia, lançam-se nas águas para acompanhá-lo. Moema, a mais bela de todas, consegue chegar perto do navio Agarrada ao leme, brada todo seu amor não correspondido ao esquivo e cruel Caramuru. Implora para que ele dispare sobre ela seu raio. Ao dizer isso, desmaia e é sorvida pela água. As outras, que a acompanhavam, retornam tristes à praia. Nas demais estrofes do canto, a história do descobrimento do Brasil é contada ao comandante do barco francês. Canto VII Na França, o casal é recebido na corte e Paraguaçu é batizada com o nome da rainha Catarina de Médicis, mulher de Henrique II, que lhe serve de madrinha. Diogo lhes descreve tudo o que sabe a respeito da flora e fauna brasileira. Canto VIII Henrique II se predispõe a ajudar Diogo Álvares na tarefa de doutrinamento e assimilação dos índios, oferecendo-lhe tropa e recompensa. Fiel à monarquia portuguesa, o valente lusitano recusa tal proposta. Na viagem de volta ao Brasil, Catarina-Paraguaçu profetiza, prospectivamente, o futuro da nação. Descreve as terras da Bahia, suas povoações, igrejas, engenhos, fortalezas. Fala sobre seus governadores, a luta contra os franceses de Villegaignon, aliados aos Tamoios. Discorre sobre o ataque de Mem de Sá aos franceses no forte da enseada de Niterói e sobre a vitória de Estácio de Sá contra as mesmas forças. Canto XIX Prosseguindo em seu vaticínio, Catarina-Paraguaçu descreve a luta contra os holandeses que termina com a restauração de Pernambuco. Canto X A visão profética de Catarina-Paraguaçu acaba se transformando na da Virgem sobre a criação do universo. Ao chegar, o casal é recebido pela caravela de Carlos V que agradece a Diogo o socorro aos náufragos espanhóis. A história de Pereira Coutinho é narrada, enfatizando-se o apoio dos Tupinambás na dominação dos campos da Bahia e no povoamento do Recôncavo baiano. Na cerimônia realizada na Casa da Torre, o casal revestido na realeza da nação espanhola, transfere-a para D. João III, representado na pessoa do primeiro Governador Geral, Tomé de Souza. A penúltima estrofe canta a preservação da liberdade do índio e a responsabilidade do reino para com a divulgação da religião cristã entre eles. Na última (epílogo), Diogo e Catarina, por decreto real, recebem as honras da colônia lusitana.